本实用新型涉及一种自动化船舶压载水取样装置，由电磁阀、电磁流量、流量控制仪、PLC可编程控制器、盛水器、过滤器、电磁换向阀、过滤器等组成，电磁阀分别与取样管和电磁流量计的进口相连接，电磁流量计与盛水器与PLC控制器相连，电磁流量计的信号输出端与流量控制仪相连接，流量控制仪的上限和复位信号与PLC控制器相连，盛水器与过滤器相连接，过滤器的下端与电磁换向阀的进口端相连，电磁换向阀的路输出分别为取样通道和自由排出通道，电磁换向阀的控制端与PLC可编程控制器相连。在自动收集一定体积水样的同时，进行过滤，保证了在同一水体进行不同尺寸生物体的过滤采集，可节约取样时间。方便了港口国符合检查。