本实用新型公开了一种双层杀菌冷却机，属于一种食品或药物加工设备，解决了现有杀菌冷却机存在的占用空间大的问题，包括箱体和设置在箱体内的轨道，以及驱动轨道行进的驱动电机，箱体的两端分别设置有从动轴一和从动轴二，轨道绕过从动轴一和从动轴二形成封闭循环运转结构，所述箱体下方且位于轨道的下方还设置有下层轨道，支撑箱体的下层支架上设置有从动轴三和主动轴，下层轨道绕过从动轴三和主动轴形成封闭循环运转结构，从动轴二和从动轴三之间通过换向机构转动连接；换向机构为两个相互啮合并分别与从动轴二、从动轴三转动连接的齿轮构成。可适用于对各种软包装的食品或药物进行杀菌冷却处理。