本实用新型公开了一种基于免疫磁珠的目标自动分离装置。包括混合单元、分离单元和控制单元。将待检测样品和免疫磁珠加入到样品管中，样品管在匀速旋转、变速旋转、静止富集或正反向旋转状态的不同组合下，样品管中的被检测样品中的目标和免疫磁珠上已固定的抗体产生特异性反应；在固定磁场下，把免疫磁珠和已经被免疫磁捕获的被检测样品中的目标吸附在样品管内壁；收集免疫磁珠和已经被免疫磁捕获的被检测样品中的目标，用于生物检测或铺盘。本实用新型通过样品管中的被检测目标和免疫磁珠上已固定的抗体产生特异性反应可以准确分离和筛选目标检测物，并且通过不同混合模式的组合来达到最优的混合效果，广泛用于样品的前处理。