本发明提供一种散热器风扇控制系统，其能在电池电力如果用于散热器风扇就不能进行水冷发动机的起动等的情况下，停止散热器风扇来使水冷发动机起动。所述散热器风扇控制系统具有检测电池电压的电池电压检测部；检测水冷发动机的冷却水温度的检测部；和控制发动机的驱动及散热器风扇的致动的控制单元，控制单元具有第2控制部，该控制部基于电池电压检测部的检测结果，在电池电压比可使散热器风扇运转的电压小时，使散热器风扇停止；在电池电压大于等于可使散热器风扇运转的电压时，当冷却水温度检测部检测的冷却水温度大于等于设定温度时，使散热器风扇运转，以及当冷却水温度检测部检测的冷却水温度比设定温度低时，使散热器风扇停止。