本实用新型涉及一种补钙小分子团水的制备装置，包括依次连接的频谱水装置、红外光处理装置和储水装置。所述频谱水装置还连接有过滤装置，所述过滤装置包括依次连接的一级过滤器、二级过滤器和三级过滤器，所述三级过滤器与所述频谱水装置连接，所述频谱水装置的频率为50-100赫兹，所述红外光处理装置包括红外激光器和桶体，所述桶体内设置有红外光多次反射器，所述储水装置还连接有消毒灌装装置。本实用新型制备的补钙小分子团水，可以进一步提高补钙小分子团水的质量，使其被饮用后容易穿过细胞表面的纳米级小孔进入细胞，被人体高效吸收利用，有效克服钙片不溶于水、难于进入细胞、不易被人体吸收、补钙效率低等缺陷。