本发明公开了一种稳定的小分子团水制备装置，包括沿管道顺序设置的前置过滤单元、强磁切割单元、后置超滤单元和稳定单元，所述的强磁切割单元包括至少一组强磁体，所述同组强磁体对称设置在管道的周边，所述后置超滤单元为膜过滤器，所述稳定单元包括超声波功率仪，超声波功率仪对管道发出超声波。本发明具有的优点是本发明采用强磁场将原水切割为团簇3‑5的小分子水，然后通过超声波震动，在水中形成细微空洞，细微空洞闭合时，会导致水分子相互挤压，形成一些稳定的立体结构，使得小水分子能够长期存在，不会因为不断地扩散运动而导致氢键合并，形成大分子水，所以本发明生产的小水分子具有稳定的结构。