一种热导管结构及应用热导管结构的散热系统。所述热导管结构包括有一管构件及一磁力构件，管构件内部具有工作流体，磁力构件则设置于管构件外部，通过磁力构件的磁化工作流体，以促使工作流体的回流速度加快，而磁力构件受一感应元件所控制，进而根据热源的工作温度驱动磁力构件作用，以增进热传导效率。所述应用热导管结构的散热系统，包括有一上述热导管结构；一感应元件，设置于该热源处，用以测量该热源工作温度；一微控制器，与该激磁装置及该感应元件电性连接，该微控制器依据该感应元件测量的温度数据驱动该激磁装置产生磁场，从而提高了热传导效率。