本实用新型的玻璃基板包装箱在一基座的两个相对应边分别直设有一背板及一活动面板，基座的另外两个相对应边则分别设有两个活动侧板，另有至少一活动顶板设于背板与活动面板的顶边之间；而可将玻璃基板倚靠于背板并且依序朝向活动面板的方向依序排列，再配合将活动面板、两个活动侧板及活动顶板朝向所有玻璃基板的方向压制，即可确实将所有玻璃基板固定在基座上，而且不会使玻璃基板产生搓移、晃动，实为一种具有较佳适用性，以及不易造成破损的玻璃基板包装箱结构。