本发明公开了一种基于FPM算法的显微成像方法和系统，该系统包括平面光源阵列、微反射镜阵列、物镜和相机，所述平面光源阵列发射光线到微反射镜阵列；所述微反射镜阵列将所述光线转换为直入射光线和斜入射光线；载物孔用于使直射入光线透过并照射至放置在载物孔上的成像物体；所述物镜和所述相机用于经成像得到多幅低分辨率图像。该系统利用微反射镜阵列可以得到多幅不同角度照明下的低分辨率图像，能够实现静态成像和荧光标记成像。随后利用FPM算法进行迭代重建，可以提高图像分辨率，其和高倍物镜的分辨率相当，且具有更宽的视场。该系统和传统显微镜相比具有体积小、重量轻的优点，适用于移动检测和现场检测。