本发明提供一种优化地下水特殊脆弱性评价模型的方法，分别从指标体系建立、指标等级赋值、权重确定、脆弱性指数分级方法选择等四个方面对评价模型进行优化，能够有效降低基于迭置指数法的评价模型的主观性。所述方法包括：确定地下水特殊脆弱性影响因素；从影响因素中选择典型指标建立指标体系；根据各个指标在研究区内的取值特征划分每个指标的等级，并为每个等级赋值；通过研究区内采样点的特征污染物浓度和各指标取值的相关程度确定各个指标的权重；构建地下水特殊脆弱性评价模型，采用不同分级方法分别形成地下水特殊脆弱性分区，通过级别差方法对比分析确定最优的地下水特殊脆弱性图。本发明适用于地下水污染防控管理领域。