本发明提供了一种利用综合评价模型的中药组分结构解析与优化方法及应用。所述方法包括：分离或制备中药潜在活性组分；建立目标药效活性评价模型，获得潜在活性组分的多个药效评价指标结果；利用综合评价模型计算不同潜在活性组分对目标药效活性的贡献度；选择目标药效活性贡献度最高的组分，实现中药组分结构解析与优化。与传统中药物质基础解析方法相比，本发明方法科学严谨，简便明确，结果可靠，可操作性强，实现了中药药效活性的多指标综合评价，从而指导中药组分结构解析与优化，对中药物质基础解析和发现具有现实意义，为中药组分制剂创新药物研发提供一定的参考依据。