本发明提出从样本中鉴定微生物物种的方法和装置。该方法包括：获得DNA和RNA测序结果；将DNA测序结果进行比对，以便获得第一候选微生物集合和特异性DNA测序读段集合；将RNA测序结果进行比对，以便获得第二候选微生物集合和特异性RNA测序读段集合；选取第一候选微生物集合和第二候选微生物集合的交集的至少一部分作为第三候选微生物集合；分别从特异性DNA和RNA测序读段集合中选取相同数目的特异性DNA和RNA测序读段，分别获得过滤DNA和RNA测序读段集合；以及对第三候选微生物集合进行过滤处理，以便获得第四候选微生物集合，构成样本中的微生物物种。由此，能够准确地鉴定到种水平的微生物，避免背景微生物干扰，同时可找出活跃表达的致病性微生物，且操作简便。