一种基底处理系统，包括：模块控制器，其创建日志文件，其中对应于采样操作数据的定时的数据计数被添加至模块的在预定的采样周期中采样的操作数据；主控制装置，其连接至所述模块控制器，从所述模块控制器接收所述日志文件以及指示包括在所述日志文件中的操作数据的收集开始所处的时刻的开始时间信息，将所述数据计数从所述开始时间信息转换为时间戳，并且创建包括所述时间戳和所述操作数据的数据文件；以及主计算机，其接收从所述主控制装置提供的所述数据文件。