本发明公开一种原位封装贵金属Pd分子筛催化剂及其制备方法和应用，将所有原料前驱体投放到聚四氟乙烯水热釜中，利用原位封装晶化的方法，将Pd纳米小颗粒一步封装在分子筛内部Pd的质量百分含量一般为0.01‑0.5％之间。本发明催化剂适用于乙炔选择性加氢制备乙烯，同时在高浓度乙烯掺杂时也可以获得很高的乙炔转化率和乙烯选择性，具备高浓度乙烯气体中少量乙炔的除杂的能力。分子筛封装贵金属的特殊结构，避免了乙炔乙烯有机小分子直接与贵金属Pd接触，将解离氢气位点和加氢位点分开，同时获得了高的乙炔转化率和乙烯选择性。操作条件温和，催化剂结构可以很好地维持稳定。