本发明公开了一种基于超像素分割的小麦麦穗智能计数系统及方法，系统包括超像素分割模块、特征数据集形成模块、分类识别模块、形态学处理区域划分模块和计数统计模块，所述超像素分割模块，用于对小麦麦穗数码照片，根据像素点颜色、亮度特性划分为多个像素区域，对每个像素区域加注标号，形成加注标号图像，且该加注标号图像包含多个特征属性的结构体。本发明通过超像素对小麦麦穗数码照片进行麦穗分割，较好地保留了麦穗的边缘信息，通过区域划分和重叠区处理，能够简单快捷准确的实现麦穗的计数统计，更便于小麦产量的估测，方法构思新颖巧妙，实现便捷，具有良好的应用前景。