本发明属于智能生物技术领域，涉及一种基于Faster R‑CNN的小麦穗数识别方法、系统和介质，包括：提取不同家系麦穗冠层图像，并在图像中的麦穗进行标定，获得各个麦穗对应的标签；将麦穗的图像和标签输入ResNet网络模型中进行特征提取，获得麦穗的特征图，并根据麦穗轮廓建立对应的候选框；通过特征图对Faster R‑CNN模型进行训练，获得最优的麦穗识别模型；将待测麦穗图像输入麦穗识别模型，获得与各个麦穗对应的候选框；统计候选框的个数，从而获得小麦麦穗数。其能够对小麦进行准确的QTL定位，能够准确对具有高重叠特点的小麦穗数的小麦进行识别，有望为小麦分子育种种产量相关表型鉴定提供高通量分析工具。