本发明公开了一种数字PCR微滴的制备装置及其制备方法，涉及数字PCR技术领域。该数字PCR微滴的制备装置包括内壁设置有亲水涂层的毛细管、第一容器、移动装置和引流装置，其中，第一容器盛放用于PCR扩增必需物质的样本溶液，且第一容器能位于毛细管的入口端；移动装置与第一容器或毛细管连接，使第一容器和毛细管的入口端相互靠近或远离；引流装置用于将样本溶液和连续相引流至毛细管中。其中，数字PCR微滴的制备方法采用上述的数字PCR微滴的制备装置。本发明通过引流装置和移动装置之间的相互配合，实现将样本溶液和连续相交替引流至毛细管中，使得样本溶液形成数字PCR微滴，改变了常规的数字PCR微滴制备对特殊油相和表面活性剂的依赖，降低了成本。