本发明公开了一种微液滴数字PCR液滴检测方法及系统，包括：获取微液滴数字PCR图像并进行预处理，在预处理后的图像上依次使用Canny边缘检测和Hough圆检测获取独立液滴的定位信息，按定位信息对液滴进行截取并进行人工标注，以构建训练数据集；基于卷积神经网络构建液滴识别模型，使用训练数据集进行训练；将待测微液滴数字PCR图像进行预处理，使用Canny边缘检测和Hough圆检测获取独立液滴的定位信息，获得每个液滴的图像并按批次输入训练好的液滴识别模型，对液滴进行有效或无效分类识别；最后根据有效液滴的中心灰度进行阴性阳性判断。本发明的方法及系统可对样本中的阳性微液滴进行高精准度、高通量地识别。