本发明公开了一种基于数字PCR的微滴检测方法及装置，其中方法包括：控制进样针对样本微滴试管进行下针操作，并检测进样针是否到达预设位置；当进样针到达预设位置时对样本微滴进行采样；通过流速差所形成的负压，将采样的样本微滴通过管道传输至检测芯片并进行检测。当进样针处于预设位置时再进行采样保证进样针与试管处于合适的距离，可以避免直接采样时进样针距离试管底部位置过高或过低，从而导致样本微滴采样困难或残留过多的情况出现。通过流速差所形成的负压可以将样本微滴直接吸至检测芯片而无需经过管道中的其他元件，保证样本微滴的完整性。通过气泡传感器监测样本微滴位置并实时调整检测时间，进一步提高检测的准确性和稳定性。