本发明公开一种配药系统，包括发药系统和运输系统，所述运输系统，包括药品容器和带动药品容器向一个方向运动的运输轨道；所述发药系统，包括多个发药机，各发药机沿运输轨道的延伸方向设置在运输系统的上方；所述运输轨道带动药品容器由运输轨道的一端运输至另一端，在此过程中，发药系统根据配药要求控制对应发药机向所述药品容器投放药材。本发明中，在沿着运输轨道延伸方向布置了多个发药机，根据实际配药需求控制各发药机向运输轨道上的药品容器投药，药品容器携带药材进入下一道工序，从而实现了流水线式的快速配药操作，大幅提高了配药效率。