本发明公开了一种带钉仓摆头控制系统的电动吻合器，包括出钉装置，所述出钉装置包括钉仓，所述钉仓内部设有钉子，所述钉子顶部设有挤压块，所述挤压块顶部设有第一弹簧，所述钉子底部设有卡板，所述钉仓一侧设有放置仓，所述卡板贯穿放置仓且延伸至内部，所述卡板一侧设有第一转杆，所述第一转杆顶部设有转盘，所述转盘顶部设有转轴，所述转轴与放置仓固定连接，所述第一转杆一侧设有第二转杆，所述第二转杆底部设有滑杆，所述滑杆一端设有推块。本发明通过设有出钉装置，第二转杆通过转盘带动第一转杆横向移动，之后第一转杆将卡板从钉子底部移出，滑杆再次移动时使得卡板卡在钉子底部，有利于保证出钉的稳定性。