本实用新型提供了一种摆头机构及医用吻合器，所述摆头机构包括：旋转部件和摆头拉杆，所述旋转部件旋转时，带动所述摆头拉杆沿所述吻合器的轴向方向运动；弹性件，至少部分凸设于所述旋转部件的外侧面，所述弹性件包括至少一个凸起部，所述凸起部朝向远离所述旋转部件的转轴的方向凸出；壳体，设置有容纳所述旋转部件的容纳槽，且所述容纳槽的内侧壁设置有至少一个凹口，所述旋转部件相对于所述壳体旋转至所述弹性件的凸起部与所述凹口相对时，所述凸起部至少部分进入所述凹口。通过采用本实用新型，通过弹性件的凸起部与壳体的凹口的配合，方便操作者设置钉头部不同的摆动角度，并且可以避免不可控的钉头部摆动。