本实用新型提供了一种驱动机构及医用吻合器，所述驱动机构包括：钉匣外壳，连接于钉头部与吻合器本体之间；击发杆，击发杆至少部分位于钉匣外壳的内部，且击发杆沿吻合器本体的轴向延伸至钉头部内；内连接件，包括从远端侧到近端侧依次设置的固定部、形变部和限定部；外连接件，包括第一外套部、第二外套部和第三外套部；固定部及第一外套部固定连接于钉头部的近端侧，限定部及第三外套部固定连接于钉匣外壳的远端侧；内外连接件限定第一通道，击发杆穿设于其中，钉头部摆动时，击发杆随钉头部摆动，形变部和第二外套部至少部分随钉头部的摆动而产生形变。本实用新型通过设置内外连接件，将钉头部连接至钉匣外壳，并且对击发杆的形变进行限定。