本实用新型提供了一种驱动机构及医用吻合器，所述驱动机构包括：钉匣外壳，连接于所述钉头部与吻合器本体之间；击发杆，至少部分位于钉匣外壳的内部，且沿所述吻合器本体的轴向延伸至钉头部内；第一连接件，包括从远端侧到近端侧依次设置的第一固定部、第一配合部和第二固定部，所述第一连接件中限定轴向延伸的第一通道，所述击发杆穿设于第一通道中，所述第一固定部与钉头部的近端侧相连接，所述第二固定部与钉匣外壳相连接；所述钉头部相对于吻合器本体的轴向摆动时，所述击发杆随钉头部摆动，第一配合部至少部分随钉头部的摆动而产生形变。本实用新型通过在第一连接件的近端侧设置与击发杆相配合的第一配合部，有效限制击发杆的形变量。