本实用新型提供了一种驱动机构及医用吻合器，用于医用吻合器，所述医用吻合器包括吻合器本体和位于所述吻合器本体的远端侧的钉头部；所述驱动机构包括：钉匣外壳，位于所述钉头部与所述吻合器本体之间；击发杆，所述击发杆至少部分位于所述钉匣外壳的内部，且所述击发杆沿所述吻合器本体的轴向延伸至所述钉头部内；连接件，所述连接件的远端侧与所述钉头部相连接，所述连接件的内部限定轴向延伸的第一通道，所述击发杆穿设于所述第一通道中；转接件，所述转接件与所述连接件的近端侧相连接，且所述转接件与所述钉匣外壳的远端侧可旋转地连接。本实用新型的连接件与钉匣外壳之间形成可以更灵活转动的连接，并且相对转动角度更大。