本实用新型提供了一种摆头机构及医用吻合器，摆头机构包括摆头拉杆、驱动组件和壳体，驱动组件与摆头拉杆相配合，壳体的驱动组件容纳槽的内侧壁设置有至少一个凹口；驱动组件包括第一驱动件、第二驱动件和安装于第二驱动件的定位件；第一驱动件和定位件的相对侧分别设置有驱动槽和凸块，凸块至少部分进入驱动槽中；第一驱动件从初始的第一位置沿第一方向旋转至第二位置时，第二驱动件不旋转，且凸块在驱动槽的引导下相对于第二驱动件向内缩进。本实用新型通过定位件与壳体的凹口的配合，方便设置钉头部的不同摆动角度，可以避免不可控的钉头部摆动，并且通过驱动槽和定位件的配合，在调整钉头部摆动角度时，定位件可以更顺畅地从凹口中脱离。