本发明公开了一种基于固定化酶富集鱼油中DHA和EPA的方法，包括以下步骤：配置脂肪酶的酶液，向酶液中添加可溶性盐和亲水性溶剂，形成两相体系，分液得到液态固定化脂肪酶上相和富盐下相；将得到的液态固定化脂肪酶与可溶性盐溶液、鱼油配成三液相体系，于搅拌条件下进行酶催化反应，反应结束后，静置或离心至分成三层，上相为鱼油产物，中相为液态固定化脂肪酶，下相为富含甘油水解物的反应介质；将上相鱼油产物加入碱液，然后加入疏水性有机溶剂，静置萃取后取上相，经蒸馏得到富EPA和DHA的甘油酯产物。本发明实现了产物与催化剂的快速分离，脂肪酶可连续多次重复使用，同时还可以提高催化效率，从而大幅降低酶的损耗与纯化成本。