本发明涉及遗传学领域，具体而言，提供了一种河南斗鸡基因组SNP分子标记的筛选方法及其应用。该筛选方法通过高通量测序检测，计算遗传统计量，分析河南斗鸡与其他鸡种群体的遗传差异，筛选出河南斗鸡SNP分子标记。该筛选方法缓解了目前河南斗鸡遗传分化鉴定中缺少高效的分子生物学方法和遗传标记导致的遗传分化研究成本高、精确度低的技术问题，达到了高效快速筛选出河南斗鸡分子标记的技术效果，筛选得到河南斗鸡的受选择基因作为鉴定河南斗鸡种质的分子标记，成本低，数据量丰富，检测精度高。上述鉴定河南斗鸡基因组SNP分子标记的应用，缓解了河南斗鸡的遗传分化研究中缺少高效的分子生物学标记的技术问题。