本发明公开了一种新能源客车多控制器程序刷写系统及方法，包括：上位机，程序刷写线束和整车控制器；上位机通过下载线与程序刷写线束连接，所述程序刷写线束与若干整车控制器连接；所述上位机通过串口通信线与整车控制器进行通信；所述程序刷写线束提供用于连接每一个整车控制器的插接件；上位机通过识别整车控制器的硬件序列号，将目标程序刷写进相应的整车控制器中。本发明有益效果：解决了单车次程序刷写的难题，实现批量的整车控制器的程序刷写，提高了程序刷写效率。