本发明涉及一种控制器本地差分刷写的方法及系统，该方法包括的步骤为：S01：上位机将待刷写二进制数据按起始地址和固定的块大小进行分块，并对每一块分块数据进行校验，得到每一块分块数据的固定长度的特征值；S02：上位机比对S01中的每一块分块数据的特征值与已存储于控制器本地的对应块的分块数据的特征值，找到控制器内特征值不同的分块数据；S03：基于控制器内特征值不同的分块数据排序确定目标分块数据地址；S04：上位机发送数据下载请求至控制器；S05：控制器下载S01中特征值异于控制器内特征值的分块数据。本发明刷写效率高，成本低。