本发明公开了一种车辆控制器配置在线刷写的系统及方法，由配置管理系统、车云、TBOX、车载娱乐主机，各车辆控制器组成，车辆TBOX通过与配置管理系统平台交互获取功能配置信息，在本地校验、存储，TBOX作为主节点，并将最新的配置信息分发到各ECU，各ECU响应主节点基于UDS的读取、刷写配置码服务，改写功能配置码，ECU在初始化阶段加载并识别功能配置码中的特定字段的值，以决策特定字段表征功能的开启或关闭，完成在线刷写。本发明基于UDS协议，通过借用已有的控制器电检配置刷写的策略，实现在线刷写方式，解决了现有的电检刷写方式地点和时间的局限性，或电检设备成本较高的问题，也可作为已有实现方式的补充。