本发明涉及一种新能源商用车批量刷写与测试系统及方法，包括电控模块、刷写与测试模块、人机交互上位机模块和整车控制器，所述电控模块与刷写与测试模块连接，刷写与测试模块通过电气连接件与整车控制器连接，刷写与测试模块通过CAN总线与人机交互上位机模块连接；实现新能源商用车整车控制器批量刷写及功能测试，通过自动化的设定程序衔接，提高刷写和测试效率；通过逐次获取待刷写整车控制器的硬件序列号，不会因中途插拔控制器，而导致控制器编号变更，上位机软件无法重新排序，有效的避免了待刷写整车控制器的程序漏刷问题；人机交互上位机模块通过获取待刷写整车控制器的硬件版本号，识别待刷写整车控制器与目标匹配车型的功能类别。