本发明提供了一种水性含氟丙烯酸酯树脂及其制备方法、水性涂料，涉及涂料领域。该水性含氟丙烯酸酯树脂由以下重量份的单体通过乳液聚合反应制备得到：含氟丙烯酸酯单体10‑100份、丙烯酸羟基酯10‑50份、丙烯酸单体10‑50份、无氟丙烯酸酯单体10‑100份，其具有以水代替有机溶剂作为分散介质的性能，可用于制备水性涂料，使其制备和应用过程更加环保。另外，基于使用了含氟丙烯酸酯单体，使得该水性含氟丙烯酸酯树脂具有良好的防水性。