本发明公开了一株埃博霉素D高产菌及其在发酵产埃博霉素D中的应用，所述菌株分类命名为纤维堆囊菌（Sporangium cellulosum）SPD‑1935，已保藏于中国典型培养物保藏中心CCTCC，保藏编号：CCTCC NO：M2018531，在摇床发酵实验中诱变菌株埃博霉素D达到436.27mg/L，相比于出发菌株的1.35mg/L的产量提高了323倍；同时在检测过程中发现有微量埃博霉素C存在，但是并没有发现有埃博霉素A和B的产生。经过连续5次传代培养其埃博霉素D的产量并无明显变化，表示其遗传稳定性良好。在500L发酵罐上对该菌种进行工业化发酵生产，得到其埃博霉素D的产量为451.93mg/L，相比于出发菌株提高了335倍。所以本发明菌株完全符合工业化生产埃博霉素D的生产技术指标，可用于大规模工业化发酵生产，具有重大社会意义。