本发明公开了一种具有木聚糖酶和阿魏酸酯酶活性的双功能酶及其编码基因和应用。所述双功能酶是如下所述的蛋白质：a)氨基酸序列是序列1第29‑1030位所示的蛋白质；b)氨基酸序列是序列1所示的蛋白质；c)含有序列1第29‑423位所示的木聚糖酶结构域和序列1第577‑936位所示的阿魏酸酯酶结构域的蛋白质；d)上述氨基酸序列的N端和/或C端连接标签得到的融合蛋白质；e)将上述氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加得到的具有相同功能的蛋白质；f)与上述氨基酸序列具有75％或75％以上的同源性且具有相同功能的蛋白质。本发明的双功能酶具有木聚糖酶和阿魏酸酯酶的活性，可用于水解含有木聚糖和阿魏酸酯键的物质。