本发明公开了一种水果加工系统，包括清洗模块、辊式分选机构、水平输送机构以及包膜机构，清洗模块包括清洗池，清洗池的两端设有消毒池和过滤池，消毒池的出水口位于清洗池上方，清洗池的出水口位于过滤池的上方，过滤池与消毒池之间通过水管连接，并配置有水泵，用于将过滤池内的水回抽至消毒池，清洗液在消毒池、清洗池、过滤池三者之间循环流动，并且水能够在清洗池内自由流动，水果在靠近消毒池出水口位置放入清洗池，并随水流流动至输送带位置，以完成自动清洗，辊式分选机构、水平输送机构以及包膜机构则能够自动进行水果大小的分级，并完成果筐输送、包膜等系列工作，自动化程度高。