本发明公开了一种病理切片扫描影像分析系统及其扫描方法，病理切片扫描影像分析系统的扫描方法，应用于病理切片扫描影像分析系统的玻片摄像扫描镜，所述玻片摄像扫描镜包括显微镜筒、主摄像头，所述扫描方法包括：减少显微镜筒的放大倍数，从而加大显微镜筒的景深长度，获得更大的清晰成像区间；提高主摄像头的摄像像素，获得更高的像素密度。该病理切片扫描影像分析系统的扫描方法是通过减少显微镜筒的放大倍数，从而加大显微镜筒的景深长度，提高主摄像头的摄像像素，进而达到原倍数显微镜筒才能达到的像素密度和清晰程度；景深越长，对应清晰成像的区间也越大，容差率也越大，可以减少对焦难度，快速对焦，同时对机械结构运动部件的移动精度要求也相对较低。