本申请公开了一种基于深度分割网络的医学图像处理方法及装置、设备、存储介质。该方法包括输入CT图像，其中所述CT图像是指对患者脑部图像的采集结果；基于标准化网络，估计粗尺度的脑中线结构；根据所述粗尺度的脑中线结构，定位出中线的第一端点和中线的第二端点；根据所述第一端点和中线的第二端点，计算相对偏移角度得到变换矩阵；经过所述变换矩阵将图像映射到标准空间，完成图像标准化处理。本申请解决了医学图像处理不够全面、不准确的技术问题。