高纯度丙谷二肽的生产方法，包括对酶促丙谷二肽合成反应的反应液进行后处理的步骤，所述的后处理包括将热带假丝酵母菌突变株菌体接种入酶促丙谷二肽合成反应液中进行培养的除杂酸的步骤；所述的热带假丝酵母菌突变株的保藏编号是：CGMCC No.17928。本发明整个过程无需添加晶种、洗晶剂，更不需要重结晶步骤，有效地简化分离纯化和精制工艺，节省生产成本；酵母可以重复利用三批次以上，并且废弃酵母可以制成饲料蛋白，没有大量的固废和废水产生，工艺绿色环保。整个生产工艺过程易控制，生产过程无污染，产品纯度高(99％以上)、收率高(95％以上)，适合大规模工业化应用。