本发明公开了一种慢性肾病诊断生物标记物及其应用，所述生物标记物包括氧化三甲胺、胆碱、左旋肉碱或甜菜碱中的至少一种。所述标记物可用于在慢性肾病诊断试剂、试剂盒或检测装置的制备中。上述生物标记物的检测方法，包括以下步骤：取待检测对象的体液样本，对所述体液样本中的生物标记物浓度进行定量检测。所述检测方法还包括判定所述生物标记物定量的检测结果是否属于生物标记物的正常水平的步骤。通过检测本发明方案生物标记物的含量并与评价标准进行比较，用于实现慢性肾病的诊断，对于慢性肾病的诊断具有重要意义，同时还为开展相关药物评价和药效物质基础研究奠定了基础；通过取体液即可进行检测，取材方便且创伤性低。