本发明公开了一种界面微流法制备超薄复合膜的制备方法，所述的方法为：将预处理的中空纤维超滤膜浸渍在盛有哌嗪的水溶液中，然后向所述的中空纤维超滤膜中通入均苯三甲酰氯的正己烷溶液，持续通入15～180s，发生聚合反应，所述的中空纤维超滤膜的内表面生成超薄的聚酰胺层，然后用正己烷溶剂清洗覆有聚酰胺层的中空纤维超滤膜的内表面，再进行干燥后得到超薄复合膜。本发明并非相继在膜的一侧放上哌嗪与酰氯，而是在膜的内外两侧放置，从而在膜的界面处合成了超薄的聚酰胺层，大大提高了水通量，避免了膜的转移，制备超薄膜的同时无明显缺陷，而且原料可回收，减少了浪费。