本发明公开了轨道交通的时钟同步方法、系统、计算机设备及存储介质，该方法包括应用在列车上的车载网关执行的如下步骤：获取当前车载数据，将所述当前车载数据通过无线网络发送给地面时钟系统；接收所述地面时钟系统发送的初始时钟值，所述初始时钟值是基于所述当前车载数据与所述地面时钟系统中的基准时钟戳进行计算获取的值；获取所述车载网关相连的每一车载系统上传的待校对时钟戳，基于所述待校对时钟戳与所述初始时钟值，获取目标校正时钟戳；基于所述目标校正时钟戳对每一所述车载系统进行时钟校正，将所述目标校正时钟戳发送给地面时钟系统。本发明的轨道交通的时钟同步方法可确保无线传输过程的车载系统进行精准的时钟同步。