本发明涉及一种自适应像差校正图像扫描显微成像方法与装置，属于光学显微测量领域；本发明在图像扫描显微成像方法中引入像差校正系统进行自适应像差校正。在校正前直接利用sCOMS进行全像素预成像，并利用全像素图像形成自适应像差校正评价函数。在校正过程中实时测试图像评价函数，并利用计算机控制像差校正系统进行自适应像差校正。这一过程无须扫描，快速、简单。利用像差校正过程中的评价函数变化重新设定像素重分配过程的参数，优化像素重分配过程。利用残余像差大小来设定激光扫描显微过程中，sCMOS相机有效像元的个数。该方法可有效校正图像扫描显微成像系统的像差，提升像素重分配过程的有效性，最大限度实现图像扫描成像分辨率的提升。