本发明公开了一种用于单分子荧光限域激发的纳米微阵列近场结构，包括基底和电介质填充部分，所述电介质填充部分均匀的阵列在基底中，所述电介质填充部分均在高度H方向上贯穿基底，所述基底材料为导电金属，所述电介质填充部分为透明材质。本发明的近场机构将单个荧光分子的激发限制在一个开放的平面上的纳升体积内，利用了介质填充等离激元纳米孔将激发限域到开放表面，有效降低了生物大分子与进入激发体积的空间位阻，与零模波导相比，该结构具有更优良的性能，且可以从上下两个方向采集单分子荧光信号，测试中应用灵活。