本申请实施例公开了热水机低流量保护控制方法、装置、设备及存储介质。本申请实施例提供的技术方案在机组进入低流量保护模式时，关闭压缩机，将温水阀开至最大，并向水箱内补充冷水，对水箱内的水进行降温，然后根据水箱温度和直热运行时间确定目标保护逻辑，并在目标保护逻辑为高水位保护逻辑时，直至水位开关闭合后，运行高水位循环模式，而在目标保护逻辑为低水位保护逻辑时，运行低水位循环模式，直至水位开关闭合，并运行直热模式，有效解决了当机组能力恒定时，流量过小引起的进出水温差增大，高压压力增高的问题，保证了机组的高效正常运行。