本发明提供的核酸片段的分子量校正方法及装置，方法包括：从核酸片段分子量标准物的电泳信号中查找信号峰峰值大于一预设值的第一信号峰，并获得每个第一信号峰的峰位，根据核酸片段分子量标准物中各标记片段的分子量之间的间隔和每个第一信号峰的峰位从查找到的第一信号峰中确定与每个标记片段的分子量对应的第二信号峰，根据第二信号峰和与第二信号峰对应的标记片段的分子量对核酸片段分子量标准物中各标记片段进行处理得到分子量校正模型，以根据分子量校正模型对待校正核酸片段的分子量进行校正，通过采用上述方法，实现对待校正核酸片段的分子量进行可靠有效的校正，避免了在待校正核酸片段较长时存在的校正不准确的问题。