本发明公开了一种透明样品缺陷自动检测方法和检测装置。该方法包括：根据透明样品的半径r获取照明光束的半径R，照明光束的半径R不小于透明样品的直径2r；将透明样品置于载物台上，透明样品与物镜的中心轴不重合；空间光调制器设置于物镜的像面，并设置为光栅，采集经过空间光调制器后形成的干涉图案；调整空间光调制器的光栅周期至第一检测光栅周期；获得第一干涉图像并获取第一相位分布；移除所述透明样品，获取第二相位分布；根据第一相位分布和第二相位分布获取透明样品的相位分布并计算透明样品的折射率分布。本发明实施例提供的方法能够消除重复图像，更易提取透明样品的折射率分布，实现不同尺寸透明样品的自动检测。