本发明提供了一种肠道粪便的检测系统，该系统的检测方法包括：步骤1、向第一离心腔内加入生理盐水和粪便；步骤2、第一离心腔的搅拌装置进入搅拌模式；步骤3、第二液位传感器组开始对第二离心腔中的液位高度进行检测；步骤4、滤液进入第二离心腔进行离心处理，去除上清液后的一次离心沉淀物进入中转腔中；步骤5、第二离心腔进入排空操作；步骤6、中转腔内的二次离心沉淀物返回第一离心腔离心；步骤7、中转腔进入排空操作；步骤8、第一控制阀再次打开，三次离心沉淀物进入第二离心腔；输出物储存仓中的生理盐水流入第二离心腔，第二离心腔进行离心工作；步骤9、第二离心腔内的符合要求的粪菌悬液进入中转腔储存。