本实用新型公开了一种粪便中检测肠道微生物的取样装置，具体涉及医疗检测技术领域，包括储存瓶，所述储存瓶一侧设置有取样室，所述取样室内部为中空结构，所述取样室内部设置有取样固定座，所述固定座一侧固定连接有多个支撑杆，多个所述支撑杆一侧与取样室内壁固定连接，所述固定座一侧设有连接杆，所述连接杆一端与固定座螺纹连接，所述连接杆另一端设置有取样勺。本实用新型通过设置第一螺纹圈、第一螺纹圈、第一母螺纹、第二公螺纹、第一密封垫圈、取样勺，双重螺纹圈与双重螺纹，保证了储存瓶与取样室之间的密封性，从而避免了采集的样本发生泄漏或者避免采集的样本被污染，从而提高了防护性，从而提高后续检测的准确性。