本发明公开了一种基于深度随机森林的指令脆弱性预测方法及系统，方法包括：提取各条程序指令与指令脆弱性相关的指令特征信息，生成表征指令脆弱性的指令特征向量；对训练程序进行故障注入，获取各条程序指令脆弱性值；结合指令特征向量和指令脆弱性值，生成指令脆弱性样本数据集；通过滑动窗口对指令脆弱性样本数据集进行滑动采样，生成拓展样本数据集；构建并训练基于深度随机森林的指令脆弱性预测模型；提取待预测目标程序的指令特征向量，并结合指令脆弱性预测模型实现待预测目标程序的指令脆弱性预测。系统用于实现上述方法。本发明预测准确率高，对样本集需求低，所需人工调整工作少，可有效应用于程序受到瞬时故障影响后指令脆弱性的预测。